La storia prende il via dalla terza primavera da quando Belldandy e Kei'ichi hanno iniziato la loro convivenza. Il club dei motori dell'università Nekomiko, il circolo al quale appartiene Kei'ichi, sta per accogliere, come ogni inizio di anno accademico, le nuove leve che prenderanno il posto degli studenti ormai laureati o passati ai corsi di dottorato, i cosiddetti OB (Old Boy). Tra i candidati ad entrare nel club appare una splendida ragazza dai lunghi capelli neri di nome Morgan. A questo punto accade qualcosa di inaspettato: il mentore di Belldandy, del quale si erano perdute completamente le tracce da molto tempo, appare improvvisamente sulla terra alla sua ex-allieva. Quale sarà l'obiettivo di questo misterioso individuo? Contemporaneamente, nel mondo celeste cominciano a manifestarsi uno dopo l'altro strani eventi: l'evasione dalla prigione della Luna di un criminale e l'intrusione di un virus nel sistema Yggdrasil causano uno stato di massima confusione...