베르단디와 케이이치가 만난지 어느 덧 2년 반이라는 세월이 흘렀다. 요정 모르간에 의해 봉인이 풀린 세레스틴은 베르단디의 기억을 지워 버리고, 그녀의 몸에는 바이러스가 점점 퍼지면서 천상계 네트워크를 잠식해 나간다. 케이이치와 베르단디는 처음부터 다시 시작하지만, 케이이치의 베르단디에 대한 태도는 예전같지 않다. 베르단디는 모르간과의 사이드카 경기를 치룬 후 기억을 조금씩 되찾지만 상태는 점점 나빠져서 백신을 사용해야만 할 때가 왔다. 하지만 치료가 성공할 확률은 겨우 16%. 베르단디와 케이치, 이들의 앞날은 과연 어떻게 될 것인지...