Nel 1938 il giovane Henri Young (Kevin Bacon) viene incarcerato ad Alcatraz, per aver rapinato alcune banche prendendo in ostaggio persone e minacciandole. Nel carcere, governato dai sadici direttore James Humson (Stefan Gierasch) ed il condirettore Milton Glenn (Gary Oldman), subisce trattamenti disumani, come l'isolamento e torture nelle segrete della prigione, per tre anni. Uscito dall'isolamento, uccide con un cucchiaio il detenuto Rufus McCain, che aveva fatto da spia sul suo tentativo di evasione. Young finisce sotto processo per omicidio e la sua sorte sembra già segnata, ma trova il giovane avvocato James Stamphill (Christian Slater) che mette sotto accusa l'ideologia penale di Alcatraz e tutto il sistema carcerario americano.