156명의 선원을 태운 미핵잠수함 USS 몬타나가 정체불명의 물체에 의해 바다 깊숙이 침몰되는 사고가 발생하자 미해군은 침몰된 핵잠수함의 생존자 수색을 명목으로 민간석유시추선 딥코어와 연합 수색전을 펼치게 된다. 딥코어의 책임자인 버드 브리그먼(Virgil "Bud" Brigman: 에드 해리스 분)은 강인한 성격과 탁월한 리더쉽으로 딥코어 선원들의 전폭적인 신의를 받고 있는 인물이다. 버드 브리그먼과 그의 선원들은 커피 중위(Lt.Hiram Coffey: 마이클 빈 분)가 이끄는 해군측 특수부대와 함께 바다 속으로 수색작전을 편다. 한편 해군에 파견되어 온 해양 장비 전문가인 린지(Lindsey Brigman: 매리 스튜어트 매스트란토니아 분)는 버드와 결혼한 사이지만 고집 센 그녀의 강한 성격 때문에 관계가 원만치 못해 얼굴만 대하면 다투고, 커피 중위는 비밀지령 수행을 위한 지나친 독단적 행동으로 버드와 처음부터 갈등을 야기한다. 이들은 곧 잠수함을 찾아 생존자 수색을 하지만 예상대로 생존자는 없었다. 그런데 린지는 생명체가 살지 않는 심연에서 빛을 내며 지나가는 정체불명의 수중 생물을 발견한다. 동료 재머(Jammer Willis: 존 베드포드 로이드 분)가 고압병으로 지나친 산소를 흡입하여 쓰러지고, 설상가상으로 태풍이 불어서 사고가 발생하는데...