Twee shinobi-clans, Koga en Iga, leven totaal geïsoleerd ten opzichte van de rest van de wereld. Hoewel er geen contact is met de buitenwereld, hebben ze zichzelf zeer goed ontwikkeld. Omdat er nu vrede heerst is de shogun niet zo blij met de shinobi. en probeert hij ze tegen elkaar uit te spelen. Dat is niet zo moeilijk, omdat er tussen de twee shinobi-clans toch al veel wantrouwen bestaat. Om de situatie extra lastig te maken zijn Gennosuke van Koga en Oboro van Iga nog verliefd op elkaar geworden ook...