Het Galman Rijk werd vernietigd, maar de planeet Galmania nog niet, door een toevallige botsing van sterrenstelsels. De Bolar Federatie werelden waaronder Planet Bolar worden hierdoor vernietigd. De Yamato, terug onder het commando van Captain Okita, ontmoet de planeet Denguil te laat om zijn humanoïde beschaving te redden van overspoeling door de water planeet Waterman. De overlevende Denguili, een krijger ras die geloven dat alleen de sterken moeten overleven, zijn van plan om Aquarius te gebruiken om de Aarde te overspoelen en de mensheid te vernietigen, om zo een nieuwe thuis te creëren voor hun ras.