Yıl 2199, Gamilon’ların dünyayı istila etmelerinin üstünden 5 yıl geçmiş, dünya yok olmanın eşiğindedir. İnsanlar Gamilonların bombardımanları sonucu oluşan yüksek radyasyon sebebi ile yeryüzünde yaşayamamaktadırlar. Yer altında yarattıkları yeni dünyada hayatlarını sürdürmektedirler. Eski bir pilot olan Kodai günlerden bir gün yeryüzünde çöpleri karıştırırken kaza geçirir. Bu kaza sonucu bir kapsül bulur. Iscandar adlı gezegenden gönderilen bu kapsüle göre Iscandar’dan bulunan bir cihaz yeryüzündeki bütün radyasyonu kaldırıp dünyaya özlenen eski hayatı geri getierecek güçtedir. Bunun üzerine Dünya Savunma Gücü harabe durumdaki Yamato’yu revize ederek Iscandar’a bu cihazı bulmak için yola çıkar. Ancak 148.000 ışık yılı uzaklıktaki Iscandar’a yolculuk sanıldığı kadar kolay geçmeyecektir.