In een verre toekomst hebben besmettelijke ziektes het grootste gedeelte van de wereldbevolking vernietigd. Er is nog maar één beschermde stad, Bregna, die wordt omgeven door een soort muur. De stad wordt geleid door een aantal wetenschappers. Aeon Flux is de belangrijkste strijdster van de Monicans, een ondergronds rebellen-netwerk dat wordt geleid door de 'Handler'.