Дiя вiдбувається у далекому майбутньому. Майже все населення Землi загинуло вiд хвороб, i на планетi залишилось лише одне iзольоване з усiх бокiв, iдеальне на перший погляд мiсто-держава Брегна. Однак у ньому є пiдпiлля, яке бореться з тоталiтарним режимом. Коли агента Еон Флакс посилають вбити голову уряду, вона розкриває таємницi, якi примушують її сумнiватись у правильностi того, що вона робить.