As cegonhas entregam bebés… ou pelo menos assim acontecia antes. Hoje entregam encomendas para um gigante de vendas da internet. Júnior (Andy Samberg), a cegonha que detém o recorde de entregas da companhia, está prestes a ser promovida quando acidentalmente ativa a Máquina de Produção de Bebés, dando origem a uma adorável, e completamente ilegal, recém-nascida. Desesperado por se ver livre deste problema antes que o seu chefe descubra, Júnior e a sua amiga Tulip, a única humana na Montanha das Cegonhas, apressam-se para fazer a sua primeira entrega de um bebé - e embarcam numa aventura louca e reveladora que pode fazer mais do que uma família feliz e restaurar a verdadeira missão das cegonhas no mundo.