Sú to štyri roky, čo tajní vládni agenti K a J odvrátili hrozbu intergalaktickej katastrofy obrovských rozmerov. K sa medzitým vrátil do bežného života a J i naďalej pracuje pre MVČ - bohato dotovanú, avšak neoficiálnu vládnu agentúru, ktorá reguluje mimozemský život na našej planéte. V priebehu vyšetrovania zdanlivo rutinnej záležitosti J odhalí diabolský plán, zosnovaný nepriateľskou kylothianskou stvorou Serleenou, ktorá sa maskuje vizážou zvodnej modelky. Keď Serleena vezme ako rukojemníkov celú budovu MIB, zostáva iba jediná osoba, na ktorú sa môže J obrátiť - jeho bývalý partner. Nastáva boj s časom a počas neho musí J presvedčiť K, ktorý stratil všetky spomienky na svoju kariéru pri MIB a zároveň je jediným žijúcim človekom s vedomosťami potrebnými na záchranu galaxie, aby sa opäť pridal k MVČ. Inak sa Zem stane obeťou totálnej deštrukcie.