En ung pojke vid namn Agito träder in i en förbjuden helgedom där en svagt lysande maskin finns. Maskinens uppgift är att hålla Toola vid liv, en flicka med ett uppdrag från det förflutna. 300 år in i framtiden har Jordens ekosystem förstörts av människorna, och skogen har fått eget liv och ligger i konstant krig med mänskligheten. Det är nu Toolas och Agitos uppgift att åter förena människan med skogarna.