För trettiosju tusen år sedan, begravdes en dödlig hemlighet i en grotta i Texas. nu har hemligheten sluppit ut. Om den upptäcks kan det betyda slutet för hela mänskligheten. När en bomb förstör en byggnad i Dallas, Texas, dras FBI-agenterna Fox Mulder (David Duchovny) och Dana Scully (Gillian Anderson) in i en farlig sammansvärjning som övergår allt de någonsin upplevt. Med tvivelaktig hjälp av en paranoid doktor (Oscar-belönade Martin Landau), sätter Mulder och Scully sina karriärer på spel för att hitta ett dödligt virus, som möjligtsvis är av utomjordisk härkomst - och som kan förinta allt liv på jorden. deras jakt efter sanningen leder dem fram till det mystiska Syndikatet, bestående av maktfulla män som inte skyr några medel för att behålla sina hemligheter. Syndikatet leder agenterna från en grotta i Texas, till FBI:s egnakontor, och till slut ill en hemlig anläggning vid Antarktis som döljer den största hemligheten av alla.