Ash Ketchum és színes társasága ismét nagy próbatétel elõtt áll. Lawrence III, a repülõ gépezetén száguldozó kapzsi Pokémon-gyűjtõ káoszt teremt a Világegyetemben azzal, hogy felbontja a természet egyensúlyát. Elrabolja a három Pokémon madarat, (Moltres, Zapdos és Articuno) amely a tüzet, villámot és a jeget uralja. Hamarosan Lugia, a tengeri Pokémon is a gonosz áldozatává válik. Ash, Misty és a többiek gyorsan akcióba lépnek, hogy megakadályozzák a teljes pusztulást... A Pokémonok második egész estés filmje is kalandos perceket szerez a rajongók táborának.