ซาโตชิ พิคาชู และเหล่าผองเพื่อนได้ออกเดินทางไปยังดินแดนแห่งหนึ่งซึ่งถูกปกคลุมไปถ้วยอำนาจมืดพวกเขาจึงต้องช่วยกันนำลูกแก้วจากภูเขาสามแห่งกลับมายังดินแดนแห่งนึ้เพื่อสลายพลังอำนาจชั่วร้ายซึ่งพวกเขาต้องเผชิญหน้ากับเหล่าโปเกมอนวิหคที่มากด้วยพละกำลังมหาศาล แต่การต่อสู่กลับปลุกลูเกีย โปเกมอนแห่งท้องทะเลลึก ให้ตื่นขึ้น และช่วยปกป้องพวกซาโตชิ ให้นำลูกแก้วกลับมาอย่างปลอดภัย ...