Pokémontränaren Ash Ketchum och hans vänner Misty (Vatten-Pokémontränare) och Tracy (Pokémon-skådare) är ute på en båttur, men råkar ut för en storm som för dem till De Orangea Öarna (The Orange Islands). Där får de veta att en profetia har slagit in, och att världen hotas att bli översvämmad av en jättevåg. Bara "Den Utvalde" kan stoppa profetian från att slå in, och det visar sig vara Ash som är den utvalde. För att rädda världen från undergång måste Ash samla på sig tre klot från tre olika öar (Eldön, Blixtön och Isön), för att sedan förena dessa i ett tempel på den stora ön som ligger i samband med de tre övriga.