최정예 특공대원 카메론 포우(니콜라스 케이지 분)는 제대하던 날 아내와 귀가하다가, 자신의 아내를 노리는 폭력배로부터 위협을 받는다. 불행하게도 카메론은 그들 중 한 명을 죽이게 된다. 사랑하는 아내와 아내의 뱃속에서 자라고 있는 딸을 지키기 위해서였다. 그로부터 8년 뒤, 모범수로 가석방된 카메론은 결코 타지 말았어야 할 죄수 수송기에 몸을 싣는다. 이 수송기는, 미국 전역의 형무소에 격리수용된 악명높은 죄수들만 따로 통합 수용하기 위하여 세워진 새 형무소로 흉악범들을 이송하는 임무를 띤 ‘콘 에어’ 수송기였다.   모범수인 카메론은 그 형무소까지 가지 않고 중간 기착지에서 내리도록 되어 있다. 콘 에어가 이륙하는 순간 카메론은 예상하지 못한 위기를 직감한다. 8명의 죄수들이 콘 에어를 공중납치해버린 것이다. 죄수들의 행동 대장은 ‘바이러스’란 별명을 가진 사이러스 그리섬(존 말코비치 분)이다. 카메론은 사태의 심각성과 신변의 위험을 깨닫지만 기내에 동승한 연방 보안 요원과 간수들이 속속 당하는 것을 보고만 있어야 할 만큼 속수무책이다. 연방 보안관이자 진압 대장인 빈스 라킨(존 쿠삭 분)과 FBI요원 그리고 특전반은 콘 에어가 착륙할 사막의 중간 기착지에 매복한 뒤 기습소탕작전을 준비하고 있다. 수송기에 탑승할 중간 기착지의 죄수들이 대기하고 있는 가운데 콘 에어가 서서히 착륙한다. 그러나 내리기로 되어 있던 카메론은 보이지 않고, 라킨의 상관은 기내의 보안요원이 전부 살해된 것으로 판단하고 콘 에어 수송기를 공중 폭파시키라는 명령을 내리는데..